Здравствуйте, Anton80. "Скорее всего проблема выеденного яйца не стоит". Предчувствия вас не обманули.
После того как выбрали инструмент "перо" посмотрите на верхнее меню. В зависимости от выбора инструмента там происходят изменения. У каждого инструмента свои функции.
Перо имеет 3 варианта shape, path, pixels. Раньше у вас там был выбран вариант path. Теперь там выбран вариант shape(фигура). Именно для нее фотошоп создает новый слой, который называет "фигура". Он ждет, что вы будете создавать векторный объект фигура. Если знакомы с Иллюстратором или Корелом все как там. У нее можно поменять цвет заливки, цвет и толщину обводки. На вашем скрине видно что эти значения не выбраны. Если бы они были назначены, вы сразу бы увидели, что фигура начала заливаться выбранным цветом после нескольких кликов пером.
Просто выберите в верхнем меню вариант path и все будет как раньше.